花椒病害主要有：锈病、炭疽病、煤污病、叶斑病等。花椒根部害虫：地老虎类、金龟子类、木蠹蛾类等。干部害虫：蚧壳虫、蚜虫等。食叶害虫主要：蚜虫、花椒跳甲、斑衣蜡蝉、红蜘蛛等。果实害虫主要：蚜虫、花椒跳甲、潜跳甲等。
花芽、叶芽期的管理
花椒蚧壳虫，该虫主要危害花椒嫩芽。2月下旬，初孵若虫为桔黄透明，取食后渐渐变为肉红色，4月中旬雌虫羽化结束，产卵主要部位在叶背，4月下旬为产卵盛期，卵期15天左右。
在4月中下旬到5月上旬，花椒盛花期，有蚜虫危害的椒园，要间隔10-15天交替使用氯氟氰菊酯类或阿维菌素+吡蚜酮或螺虫乙酯+防病类药剂（甲基托布津、代森锌等）+氨基酸营养类，灭蚜、防病、保果。6月初，花椒蚜虫会部分迁飞，要视花椒园蚜虫危害情况，科学调整防治时间、措施和频率。8月份花椒蚜虫再次回迁后，要使用氯氰菊酯类或阿维菌素+吡蚜酮或螺虫乙酯再次进行防治。
蚜虫，以刺吸式口器吸食叶片、花、幼果及嫩枝条梢的汁液，被害叶片向背面卷缩、畸形生长，同时蚜虫排泄的蜜露布满枝叶表面，黏糊糊的，严重影响花椒的呼吸和光合作用，使花椒树势变弱，抵抗能力下降，不仅会造成落花落果，还会诱发煤污病等病害，影响果实品质。
蚜虫在海拔较低处和干旱年份发生较重。蚜虫具有群集性、爆发性，一旦大规模发生则不易防治等特点，所以防治蚜虫应该坚持以防为主，防治并重的原则。秋冬季节做好清园工作，就可以最大限度的减少病虫害基数。物理清园：秋冬修剪、施肥和深翻把田间杂草、病枝、枯枝清除出园。药物清园：花椒落叶后，选用石硫合剂或菊酯类农药对花椒园进行全方位的喷施，杀灭越冬的蚜虫虫卵和其它越冬害虫，减少病虫基数。消灭蚜虫的利益共同体——蚂蚁。蚂蚁以蜜露为食，作为回报，它们保护蚜虫免受天敌的伤害。在秋天，蚜虫在寄主上产卵，蚂蚁就会把蚜虫卵收集起来带到巢中，储存在温度和湿度最适宜的地方过冬。到了春天，当蚜虫孵化后，蚂蚁就会把它们从巢穴中带到寄主上。
结果期的主要管理
花椒锈病，一般在6月中、下旬开始发病，7-9月为发病盛期，树冠下部叶子首先发病。发病初期叶背面生有圆形点状淡黄色病斑，随着病斑扩大，呈现出黄褐色状物，成环状排列。
药剂防治：戊唑醇、丙环唑、烯唑醇、粉锈宁等。
花椒炭疽病，该病主要危害果实，发现初期，果实表面有数个褐色小点，呈不规则状分布，后期病斑变成褐色或黑色，圆形或近圆形，中央下陷，每年6月下旬至7月下旬开始发病，8月份进入发病盛期。
防治药剂主要有：咪鲜胺、苯醚甲环唑、吡唑醚菌酯。
花椒的病虫害防治应坚持预防为主，综合防治的原则，加强树体和土壤管理，破坏病虫的生长环境；保护天敌，积极利用生物防治技术。在病虫害大面积发生时合理施用农药，并尽量使用生物制剂等新型无公害、环保型农药。同时必须注意在花椒成熟前30天内禁止使用农药，降低农药残留。
