近日，基因中心联合华大基因研究院在著名期刊《Microbiology Spectrum》（IF=7.1）发表了题为“A bacterial genome and culture collection of gut microbial in weanling piglet”的研究论文（论文网址：https://journals.asm.org/doi/10.1128/spectrum.02417-21）。基因中心董博博士为第一作者，基因中心魏文康研究员和华大基因研究院邹远强博士为共同通讯作者。
猪正常的胃肠道微生物菌群组成异常复杂，对防病及免疫能力发挥着重要作用。然而，构成猪肠道生态菌群的单个菌种及其具体的功能未能完全清楚确定。因此，基因中心微生物资源研究团队基于培养组学和宏基因组学的联合方法，成功建立了一个包括266个培养菌基因组（WGS）和482个宏基因组组装基因组（MAG）的代表集合，这些菌基因组覆盖10个门的428个物种；研究发现，在这些聚类的菌种中，有333个基因组代表了潜在的新菌种，有两千多株培养菌株中聚类的266个菌类的WGS基因组和宏基因组组装MAG之间重合基因较少，从而发现了单独通过单个组学方法策略构建参考基因组会产生重大偏差而发现不了的菌群种，成功构建更完善的宏基因组参考基因集，为后续测序手段的肠菌检测得到更好的注释结果打下基础。在全面地解析仔猪肠道微生物组和功能方面，新发现肠道微生物基因集中糖苷水解酶是主要类别的碳水化合物活性酶基因；从292个基因组中预测出445个次生代谢物生物合成基因中细菌素最多；在罗伊氏乳杆菌的泛基因组分析中，揭示罗伊氏菌素的生物合成的特异性。该研究提供了断奶仔猪肠道微生物组组成和功能景观的全面视图，为进一步对肠道微生态菌群新菌种挖掘、验证和抗病机制及应用研究，提供了物质基础资源和科学依据。
该项研究成果可为后续宿主——菌株互作关系研究提供基础，为通过动物肠道微生物组的靶向调控、实现健康养殖新模式提供理论支持，同时为动物用益生菌相关新型产品的开发提供重要依据参考。
本研究得到国家自然科学基金（32002287），广州市科技项目（201804010338, 202102080151），广东省科技项目（2014B020201002, 2016A030303034）和农业农村部广东华南省现代种业产业重点实验室、广东省农作物种质资源保存与利用重点实验室等项目资助。
