近年来，中国水科院以强化国家渔业科技战略力量为主线，坚持创新是引领发展的第一动力，把科技创新作为立院立所的根本，着力深化“学科、团队、项目、平台、成果”一体化发展，强化原始创新、突破技术瓶颈，高水平科研论文产出不断再上新台阶。
根据2023年1月13日最新发布的“ESI学科排名数据”，中国水科院4个学科进入全球前1%排行榜，相比2019年初发布的数据，上榜学科由1个学科上升为4个学科。其中，植物与动物科学排名上升195位，环境与生态学、生物学与生物化学、农业科学分别于2020年、2022年、2023年先后上榜，论文数量和影响力均有提升。全院全球前1%高被引论文集中在水产养殖技术和水产生物技术与育种领域，主要来自院黄海水产研究所、南海水产研究所、黑龙江水产研究所、珠江水产研究所、淡水渔业研究中心、渔业机械仪器研究所等单位。
ESI是美国科睿唯安发布《基本科学指标数据库》（Essential Science Indicators）的英文缩写，是基于Web of Science（SCIE/SSCI）所收录的全球12000多种学术期刊的1000多万条文献记录而建立的计量分析数据库。目前，ESI已成为当今世界范围内普遍用以评价高校、学术机构、国家/地区的国际学术水平及影响力的重要评价指标工具之一，也是全球公认的判断学科发展水平的重要参照之一。ESI将全部科学分为22个专业领域，依据最近10年的高影响力论文数据，定期评选进入相应学科全球前1%的机构。
