一个物种的种质资源群体内的遗传变异缺乏、同质化严重，是目前主要农作物都面临的遗传基础狭窄的问题。遗传基础狭窄是农作物改良难以取得突破性进展的全球问题。近期，中国农业科学院蔬菜花卉研究所蔬菜功能基因组团队联合国内多家合作单位，针对葫芦科瓜类作物遗传基础狭窄难以获得紧凑株型的问题，提出了一种定向的人工进化策略来创造葫芦科瓜类作物的全新紧凑株型，大大提高了葫芦科瓜类作物的生产效率，显著节省了劳动力的投入。相关研究成果于2022年12月13日以Architecture design of cucurbit crops for enhanced productivity by a natural allele为题发表在Nature Plants上。
黄瓜、甜瓜和西瓜等葫芦科瓜类作物是世界上重要的经济蔬菜/水果作物，这些作物的主茎和节间均较长，使得栽培群体的种植密度较低，管理上耗时费工，生产效率低下。具有显性遗传的特征，并且不影响座果和产量的紧凑株型已成为葫芦科作物急需改良的一个重要方向。
为了解决这一育种难题，研究团队在2000多份南瓜种质中寻找到唯一一份由显性单基因控制的中国南瓜矮化种质。图位克隆和遗传验证揭示南瓜CmoYABBY1基因的5'UTR上一段76bp的缺失，通过增强CmoYABBY1的蛋白翻译水平，使得南瓜主茎极度缩短。分析发现该76bp序列中存在一个在葫芦科作物中保守的元件B-region，研究团队利用基因编辑工具对黄瓜和西瓜中的B-region进行靶向删除，创造出B-region各种不同的缺失形式，不同程度的增强了YABBY1的翻译量，进而不同程度的缩短了黄瓜和西瓜的主茎长度，从而实现了茎长的精细调节。研究团队根据不同瓜类作物的不同栽培模式，将基因编辑获得的新等位基因植株进行精确配置，发现基因编辑的矮化植株可以显著的提高单位面积产量或显著降低劳动力成本。
研究团队认为YABBY1基因上B-region的各种不同缺失是优化葫芦科瓜类作物主茎长度的有效策略，可以大幅度的提高葫芦科作物的生产效率。Nature Plants同期还刊发了林鸿宣院士团队撰写的题为Compact plants enhance productivity的评论文章，对该项成果进行了介绍并给予了高度评价。
该论文的第一完成单位和通讯单位为中国农科院蔬菜花卉研究所。第一作者为中国农业科学院蔬菜花卉研究所与西北农林科技大学联合培养博士后王深浩（现为副教授）、中国农业科学院蔬菜花卉研究所在读博士生王昆和西北农林科技大学园艺学院李征教授。通讯作者为蔬菜花卉研究所杨学勇研究员。中国热带农业科学院和中国农业科学院深圳农业基因组研究所的黄三文研究员对该研究进行了指导，北京市农林科学院蔬菜研究所的李海真研究员为该成果提供了南瓜种质资源和群体材料。该研究得到了国家自然科学基金和中国农业科学院创新工程等项目的资助。
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41477-022-01297-6
