近日，园艺学院果树逆境生物学团队管清美课题组在植物学顶级期刊《Plant Cell》在线发表了题为“Methylation of a MITE insertion in the MdRFNR1-1 promoter is positively associated with its allelic expression in apple in response to drought stress”的研究论文。该研究揭示了转座子MITE-MdRF1通过影响MdRFNR1-1表达进而调控苹果抗旱的分子机制。转座子（Transposable element, TE）广泛分布于真核生物基因组中，是一种可移动的DNA单元，通常情况处于沉默状态以维持基因组的稳定性。为了抑制其转座活性，宿主基因组通过RdDM（RNA-directed DNA methylation）途径使其DNA发生甲基化，进而维持转座子的表观沉默。植物基因组中转座子的插入对于植物来说并非都有害处，转座子会引入新的cis-element或者通过DNA的甲基化，从而产生遗传和表观遗传的变异而产生新的基因表达模式，进而影响植物的生长发育和抗逆性状，例如血橙的红色和玉米的抗旱。因此，转座子并非是junk DNA片段，其对于推动植物的进化起到重要作用。然而，转座子在植物逆境响应中的作用仍知之甚少。干旱胁迫对于果树的生长发育及果园的生态完整性影响重大，植物通过多种机制应对干旱胁迫，氧化还原途径是植物耐旱机制的重要组成部分。RFNR（Root-type ferredoxin-NADP+ oxidoreductase，根型铁氧还蛋白-NADP+氧化还原酶）被报道参与植物体内的氧化还原平衡，然而其是否参与抗旱还未曾报道，植物RFNR是否存在自然变异而影响抗旱并不清楚。
该课题组从PEG模拟干旱处理的RNA-seq数据中发掘到RFNR1基因，其表达受PEG诱导表达。鉴于苹果的杂合性，研究人员以GL-3（皇家嘎啦的实生后代，用于苹果转基因的背景材料，二倍体）为研究对象，从中克隆得到苹果RFNR1的等位基因MdRFNR1-1和MdRFNR1-2，这两个等位基因编码的蛋白具有三个氨基酸的差异，但体外酶活实验和转基因愈伤的PEG处理实验表明其功能并无差异，均能对NADPH起到催化作用及对干旱胁迫起正调控功能。随后，RFNR1的功能在转基因植物中得到验证。
该研究发现，MdRFNR1的两个等位基因表达水平存在差异，MdRFNR1-1的表达水平显著高于MdRFNR1-2，PEG诱导MdRFNR1-1表达而非MdRFNR1-2。进一步研究发现MdRFNR1-1的启动子区域存在MITE的插入，并命名为MITE-MdRF1。GUS实验表明MITE-MdRF1在促进基因表达及干旱胁迫的诱导中起到重要作用。进一步的实验表明，MITE-MdRF1对于MdRFNR1-1的调控在苹果抗旱中起正调控功能。
通过PCR基因分型发现，在检测的371个苹果品种和资源中，有30个苹果种质的RFNR1启动子中存在MITE-MdRF1插入。为了进一步确认MITE-MdRF1插入RFNR1启动子与苹果自然背景下的耐旱性之间的联系，研究人员挑选了部分种质进行叶片失水处理并测定POD（过氧化物酶）和CAT（过氧化氢酶）活性以及MDA（丙二醛，反应干旱胁迫下细胞完整性）含量。结果表明，在叶片失水处理后，RFNR1启动子区域含有MITE-MdRF1插入的种质具有更高的POD和CAT活性，以及更低的MDA累积。
研究进一步表明MITE-MdRF1处具有24-nt sRNA的积累，可能会通过RdDM途径而引起DNA的甲基化，locus-specific BS-seq、McrBC-qPCR及5-AZA（DNA甲基化抑制剂）处理证明MITE-MdRF1发生甲基化，且甲基化程度受PEG模拟干旱诱导。
甲基化程度升高通常会抑制基因的表达，而本研究表明甲基化程度与基因表达正相关，基于前人的报道，研究人员对其可能的机制进行了深入研究。SUVH1和SUVH3可作为DNA甲基化识别蛋白，通过招募DNAJ1和DNAJ2蛋白形成蛋白复合体，进而促进基因表达。本研究通过DAP-qPCR及双荧光素酶试验证明苹果中MdSUVH1和MdSUVH3可结合于甲基化MITE-MdRF1，并通过与MdDNAJ1、MdDNAJ2和MdDNAJ5形成蛋白复合体进而激活MdRFNR1-1基因的表达。随后通过转基因植物和苹果愈伤组织证明了MdSUVH1和MdDNAJ1在促进苹果抗旱中的功能。
综上所述，该研究揭示了干旱胁迫条件下MITE的插入对MdRFNR1-1顺式调节中的作用，并且这项工作提供了一个额外的案例，其中TE插入和DNA甲基化与转录呈正相关。
博士研究生牛春东、姜丽娟及曹富国为该论文共同第一作者，管清美教授为该论文通讯作者，马锋旺教授及李超教授在本研究中提供了指导与帮助。本研究得到国家自然科学基金（32172530）、深圳市中央引导地方科技发展专项资金（2021SZVUP117）、陕西省科技重大专项（2020zdzx03-01-02）及博士后科学基金（2021M702692）的资助。
文章链接：https://doi.org/10.1093/plcell/koac220
